Il progetto del Dipartimento di Matematica è stato presentato formalmente all'Ateneo l'11 aprile 2011, in seguito all'approvazione da parte degli aderenti al progetto nell'assemblea del 6 aprile. Il Dipartimento di Matematica si propone come il riferimento fondamentale dell'Ateneo per le competenze matematiche e informatiche, sia sul piano della ricerca che in quello della didattica. Per la sua definizione fondamentale, il progetto è stato fin dall'inizio (primavera 2010) pensato aperto a tutti i matematici dell'Ateneo e agli informatici della Facoltà di Scienze. Nel frattempo sono state considerate anche possibilità di costituzione di più dipartimenti di matematica, con qualificazioni diverse, ma quelle idee non hanno trovato il consenso necessario. Al progetto hanno aderito tutti i professori e ricercatori del precedente Dipartimento di Matematica Pura ed Applicata, nonché tre ricercatori del Dipartimento di Metodi e Modelli Matematici per le Scienze Applicate.
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